Chuyển thể từ phần game thứ 2 và tiếp nối ngay sau sự kiện phần 1 với nét vẽ đẹp hơn, những trận chiến hoành tráng hơn, nội dung đen tối hơn và nhạc nền vẫn tuyệt như vậy. Sau khi đánh bại Dark Fact, Adol được đưa tới vùng đất Ys thật sự đang lơ lửng trên bầu trời. Định mệnh của cậu giờ mới bắt đầu.